Con l'entrata in vigore del Reg. Ce 1702/99, che ha modificato il Reg. Ce 1222/94, anche le istanze relative a merci fuori allegato I del Trattato, per avere diritto alla restituzione all'esportazione, dovevano essere provviste di un titolo rilasciato dal Ministero per il Commercio con l'Estero ora Ministero per lo Sviluppo Economico.
Questa innovazione ha comportato l'applicazione di una differente procedura per ciò che concerne la presentazione delle istanze e, ovviamente, per la richiesta dei titoli.
Per ciò che concerne tale nuova disciplina ed in particolare gli aspetti e gli adempimenti strettamente legati all'attività dell'organismo pagatore, la DCCC (ora SAISA) ha emanato la circolare 5274 del 28.02.2000 consultabile nell'apposita pagina web istruzioni nazionali.

Ulteriori modifiche al Reg. Ce 1222/94 sono poi intervenute con l'entrata in vigore del Reg. Ce 238/2000 (© Comunità europee, 1995-1999) e del Reg. Ce 701/2000 (© Comunità europee, 1995-1999); a seguito dell'entrata in vigore di tale ultimo Regolamento si consulti la modifica alla circolare 5274 del 28.02.2000.

Con il Reg. Ce 1520/2000 fu abrogato il Reg. Ce 1222/94; tale Regolamento è entrato in vigore a partire dal 16.07.2000.In materia è disponibile la circolare n.20460 del 04.08.2000; tale circolare, oltre a chiarire gli aspetti innovativi di tale nuova normativa, fornisce delle istruzioni in materia di redazione della dichiarazione circa la composizione della merce, da allegare alla dichiarazione di esportazione ai sensi dell'art.16 del Reg.Ce 1520/2000.
In particolare con questo Regolamento è stato ricodificato il vecchio Regolamento Ce 1222/94 e, in materia di titoli, è stato elevato fino a 50000 Euro l'importo complessivo entro il quale ogni operatore può effettuare, in ciascun esercizio finanziario, esportazioni con diritto a restituzione, qualora dall'inizio dell'esercizio fino alla data dell'esportazione non sia stato in possesso di titolo.
Inoltre è stato rimaneggiato il panorama dei prodotti con diritto a restituzione, attraverso l'eliminazione, ad esempio, delle birre d'orzo, degli antibiotici e dei prodotti farmaceutici.

Infine con il Reg. Ce 1043/2005 è stato abrogato il Reg. Ce 1520/2000.

Con Reg. Ce 1563/01 è stata poi introdotta la possibilità per gli operatori di trasferire il titolo ad un cessionario il quale a sua volta non può trasferire il suo diritto, ma può solo retrocederlo al titolare. Con la stessa normativa è stato ribadito che in caso di presentazione di istanza di restituzione oltre tre mesi dalla data di accettazione della bolletta viene comunque riconosciuto il diritto alla restituzione, ma viene incamerato, da parte del Ministero per lo Sviluppo Economico, il corrispondente importo della cauzione. Infine sono riportate disposizioni in caso di gara e in materia di allegato D del Reg. Ce 1520/00.

Con Reg. Ce 595/2002 è stata modificata la regola che prevedeva l'obbligo per la ditta di presentare l'istanza di restituzione entro tre mesi dalla data di accettazione della dichiarazione doganale; infatti essa va presentata, salvo casi di forza maggiore, entro tre mesi dalla data di scadenza del titolo di restituzione contenente il numero attribuito alla domanda specifica.
Tale disposizione entrerà in vigore il giorno successivo a quello della pubblicazione e si applicherà alle istanze ancora pendenti al momento dell'entrata in vigore del citato Regolamento.
Tale disposizione è importante in quanto consente un più ampio lasso di tempo per presentare la domanda di restituzione al SAISA.
Lo stesso Regolamento ha modificato l'articolo 10 in materia di aiuti alimentari, facendo espresso riferimento al Reg.Ce 2298/01.

Con Reg. Ce 1052/02 sono state apportate altre ulteriori modifiche al Reg. Ce 1520/00. Tali modifiche sono consultabili nel testo consolidato del citato Regolamento. La novità più rilevante riguarda l'elevazione a 75.000 Euro del plafond entro il quale gli operatori possono esportare con diritto alla restituzione senza il rilascio del titolo di restituzione.

La Commissione Europea con Reg. CE 578/10 del 29 giugno 2010, in vigore dall’8 luglio 2008, ha introdotto sostanziali modifiche al Reg. CE 1043/05, per quanto riguarda il versamento di restituzioni all’esportazione per taluni prodotti agricoli esportati sotto forma di merci non comprese nell’allegato 1 del trattato. In particolare:

1. è stata innalzata la soglia del plafond per i piccoli esportatori da 75.000 a 100.000 euro ( art. 42. par. 1 del Reg. CE 578/10);
2. possono usufruire del predetto plafond anche gli operatori che utilizzano o hanno utilizzato nello stesso esercizio finanziario titoli di restituzione;
3. l’operatore ha l’obbligo di dichiarare che nessuno degli ingredienti, per i quali si richiede la restituzione, è stato importato da paesi terzi o in caso contrario ne deve indicare le quantità (art. 49);
4. si stabilisce che per i titoli di restituzione, ad eccezione di quelli rilasciati per le operazioni di aiuto alimentare, deve essere prestata una cauzione del 10% (art. 23), e che il termine entro il quale l’operatore deve fornire la prova dell’utilizzo del titolo di restituzione, ai fini delle svincolo della medesima, è modificato da 9 a 12 mesi (art. 39 par.3);
5. E' stato abolito il tasso di restituzione ridotto per i prodotti di cui al codice 35051050 nei casi in cui gli stessi prodotti avevano usufruito della restituzione alla produzione.

Con Reg. Ue 599/2013 del 24 giugno in vigore dal 15 luglio 2013, è stata innalzata la soglia del plafond per i piccoli esportatori da 100.000 a 200.000 euro (art. 42 par 1) per anno finanziario; contemporanea è stato innalzato a 80 milioni per anno finanziario l'importo di riserva globale (art. 43 par. 1).